کنترل کوکسیدیوز را در چند عنوان می توان مورد بررسی قرار داد: بهداشت ، ژنتیک و واکسن که بهداشت شامل تمیز کردن و ضد عفونی کردن کامل مرغداری و سالن ها بعد از تخلیه مرغداری و رعایت نکات بهداشتی و تهویه در مرغداری در طول دوره ی پرورش گله و جلوگیری از رطوبت بستر می باشد . (روش all in , all out )
همچنین استفاده از آبخوری های پستانکی می تواند موثر باشد و در نهایت واکسیناسیون به موقع جوجه ها که واکسن های زنده و تخفیف حدت یافته شامل تمام گونه های مهم آیمریا است که در آب آشامیدنی و همچنین به روش اسپری تجویز می گردد.